בחלק מהמקרים הרב קוק מצייר את האדם כמו עץ ומדגים במילים שהן כמו שירה איך האדם יכול ללמוד מהטבע הטוב ובמקרים אחרים אפילו איך האדם יכול וצריך להתעלות מעל לטבע האנוכי שלו.
נתחיל בציטוט הזה:
מי שאין נפשו משוטטת במרחבים, מי שאינו דורש את אור האמת והטוב בכל לבבו, איננו סובל הריסות רוחניות, אבל אין לו גם כן בנינים עצמיים. הוא חוסה בצלם של הבניינים הטבעיים, כמו השפנים שהסלעים הם מחסה להם. אבל האדם, מי שנשמת אדם בקרבו, נשמתו לא תוכל לחסות כי אם בבניינים שהוא בונה בעמלו הרוחני, שאיננו פוסק תמיד עבודתו הזריזה
("אורות הקודש" (ב', שי"ד)
כאן הרב קוק משווה את בן האדם לשפן. השפן חכם כי הוא משתמש במבנים טבעיים כמו סלעים כדי להגן על עצמו. זאת חוכמה גדולה שאנחנו יכולים ללמוד ממנה אבל ההשוואה הזאת, גם נוטעת בנו את ההשראה לבנות את המחסות האלו בעצמנו ובתוכנו.
הוא מציע לנו למעשה ללמוד מהטבע ולבנות את המחסות האלו בעזרת אמונה ועבודה רוחנית.
ואיך אנחנו יכולים לקבל השראה מהטבע לבניית אמונה?
האדם, כל עוד הוא נאחז בשורשיו הרוחניים, אין רוח שתוכל לעקור אותו ממקומו, ולהיפך, הסערות רק יחזקו את כוח גדילתו.
עצים מסוימים וככה גם מבנים טבעיים, נוטים להתחזק עקב סערות.
אני אישית הייתי עד לזה פעם כשהייתי בים המלח: אוהל שנבנה נכון על ידי אחד מחבריי לא רק שלא נעקר על ידי רוח חזקה, אלא הרוח דווקא עוד יותר הידקה אותו לתוך הקרקע. כמו קשר שדווקא עם מושכים אותו הוא מתהדק.
ככה לפי הציטוט, בנויים גם השורשים הרוחניים של האדם, שאם הוא יודע להאיחז בהם בעיתות משבר ככה הוא יוצא מחוזק יותר.
